除了出任武漢大學遙感信息工程學院院長，龔健雅還擔任武漢大學測繪遙感信息工程國家重點實驗室主任的職位。九十年代初他提出了面向對象地理信息系統的概念和數據模型，現已成為GIS軟件的主流技術，并率先研發了面向對象GIS軟件GeoStar。

其他的研發成果還包括多源空間信息共享服務平臺GeoSurf和網絡三維信息共享集成平臺GeoGlobe，現成為我國軍民各類地理信息公共服務平臺如天地圖的基礎軟件。另外，他還主持研發了我國遙感衛星地面處理系統，并大幅提高了國產遙感衛星影像自主定位精度。

龔健雅先后承擔國家和省部級科研項目30多項。出版專著和教材13部(其中作者專著6部)，國家標準4部，發表論文430多篇。獲多個國家獎項。